Zakładając swoje miasto Jan Zamoyski założył, że będzie ono otwarte dla przedstawicieli wszystkich narodowości i wyznań. Z tego względu już w pierwotnych planach miasta znalazła się synagoga. Wybudowana w stylu renesansowym, przetrwała do naszych czasów pomimo wojennych zniszczeń. W ostatnich latach przeszła długotrwały i kosztowny remont, dzięki czemu prezentuje się tak jak za czasów swej największej świetności. W jej wnętrzach ulokowano multimedialne Muzeum Żydów Zamościa i Okolic, gdzie oprócz wystaw organizowane są także ciekawe odczyty, prezentacje oraz spotkania. Warto wiedzieć, że zamojska synagoga pełni także funkcje religijne i mogą się tu odbywać nabożeństwa, z czego korzystają na przykład odwiedzające miasto wycieczki żydowskie.