Podstawowym środkiem komunikacji międzymiastowej w Burundi jest minibus. Jednak w wielu przypadkach są to pojazdy w słabym stanie technicznym. Dodatkowo nie kursują one według ustalonych rozkładów jazdy, albowiem kierowcy czekają zwykle na zapełnienie się pojazdu, a także stan dróg oraz częste blokady powodują dalsze opóźnienia. W niektórych miejscach funkcjonuje także transport po jeziorze Tanganika. W miastach można korzystać z usług taksówek. 11 kilometrów od stolicy Burundi znajduje się lotnisko, z którego można dotrzeć między innymi do Francji, Etiopii, Kamerunu, Kongo i Kenii.