Bazylika św. Michała Archanioła i św. Stanisława Biskupa i Męczennika jest kościołem wchodzącym w skład kompleksu klasztornego paulinów. Kościół jest miejscem męczeńskiej śmierci biskupa Stanisława zadanej z rozkazu króla Bolesława Śmiałego.

Kościół, który można dziś oglądać pochodzi z połowy XVIII w., jednak tradycja istnienia w tym miejscu świątyni sięga XI w. W 1079 r. w kościele tym zginął biskup Stanisław ze Szczepanowa. Na śmierć skazał go król Bolesław Śmiały, który w wyniku swojego czynu musiał uciekać z kraju. Kult biskupa- męczennika zaowocował wyniesieniem go na ołtarze, a następnie przeniesieniem jego relikwii na Wawel. Obecnie w pierwszą niedzielę po święcie św. Stanisława (8 maja) odbywa się uroczysta procesja z relikwiami z katedry Wawelskiej na Skałkę.

Świątynia jest barokową bazyliką o dwuwieżowej fasadzie i zdobionym szczycie. Wnętrze kryje późnobarokowe ołtarze, główny z przedstawieniem św. Michała oraz boczny, w który wmontowano fragment romańskiego ołtarza, na którym widać ślady krwi św. Stanisława.

W podziemiach kościoła znajduje się Krypta Zasłużonych, w której pochowani są polscy pisarze, malarze i artyści, w tym Czesław Miłosz, Stanisław Wyspiański i Jacek Malczewski.