Obecność społeczności żydowskiej w Szczebrzeszynie datowana jest od XV w., a pierwszy drewniany budynek synagogi stanął tu w XVI w. W 1584 r. wyznaczono też miejsce pod cmentarz żydowski czyli kirkut. Istnieje on do dziś i jest obok cmentarza w Krakowie, Lesku i Lublinie najstarszym zachowanym na ziemiach polskich.

Obecny budynek synagogi pochodzi z przełomu XVI i XVII w. Zbudowano go w stylu renesansowym, ale był kilkukrotnie przebudowywany. Jest to budowla na planie kwadratu, nakryta czterospadowym dachem. Przylega do niej kilka przybudówek. Wnętrze nie zachowało się w stanie oryginalnym ze względu na kilkukrotne pożary oraz bardzo duże zniszczenia jakich dokonali Niemcy w czasie II wojny światowej. Obecnie, po renowacji w synagodze działa Miejski Dom Kultury.