Na południowy wschód od Skopje znajduje się najbardziej znane stanowisko archeologiczne Stobi. Miasto powstało tu za czasów rzymskich, najprawdopodobniej na miejscu wcześniejszej osady. Stobi było stolicą rzymskiej prowincji Macedonia Salutaris. Upadło ono w wyniku trzęsienia ziemi i późniejszych najazdów barbarzyńskich w VI wieku. Badania archeologiczne w Stobi prowadzone są od czasów dwudziestolecia międzywojennego. Można tu dziś oglądać pozostałości domów, piwnice oraz posadzki często z bogatymi mozaikami. Najbardziej spektakularną budowlą jest niewątpliwie rzymski amfiteatr.