Jeszcze jedną godną uwagi cerkwią na terenie Hajnówki jest cerkiew pod wezwaniem Narodzenia świętego Jana Chrzciciela. Jest to także prawosławna cerkiew parafialna, której budowa rozpoczęła się w latach dziewięćdziesiątych XX wieku. Cerkiew posiada charakterystyczną kopułę oraz krzyż, licząc sobie blisko trzydzieści cześć metrów wysokości. Świątynia została zaprojektowana przez Jana Kabaca. Wewnątrz cerkwi można podziwiać współczesny ikonostas.