Kościół świętego Tomasza jest jednym z bardziej znanych kościołów w Lipsku, tuż obok kościoła świętego Mikołaja. Wewnątrz świątyni można podziwiać kunsztownie wykonany gotycki ołtarz, który niegdyś znajdował się w kościele świętego Mikołaja. Obok ołtarza na szczególną uwagę zasługują też liczne epitafia i nagrobki, między innymi brązowe płyty nagrobne. W kościele znajdują się również organy, które po raz pierwszy do świątyni zostały wprowadzone w XIV wieku. Na jednych z nich grał nawet sam Wolfgang Amadeusz Mozart.