Kościół św. Gertrudy w Kownie jest jednym z najstarszych kościołów znajdujących się na Litwie. Jego powstanie datuje się na XV wiek. W czasie swojego istnienia wielokrotnie ulegał zniszczeniom. Około roku 1750, został dobudowany do niego drewniany szpital. W 1782 roku kościół został opuszczony. Dopiero w latach 90. XVIII wieku został wyremontowany, zostały zainstalowane organy i urządzono siedzibę mieszkalną dla proboszcza. Konsekracja kościoła nastąpiła w 1794 roku.