Pierwsze wzmianki o istnieniu w Muszynie kościoła pochodzą z początków XIV w. Była to jednak świątynia drewniana, która nie przetrwała do naszych czasów.

Na przełomie XVII i XVIII w. częściowo dzięki fundacji biskupów krakowskich, częściowo ze składek wiernych udało się zbudować późnobarokowy kościół na planie krzyża. Do naszych czasów przetrwała jedynie nawa główna z prezbiterium ponieważ obydwa ramiona transeptu zawaliły się po powodziach, które dość regularnie nawiedzały miasto. Jest to świątynia składająca się z wydłużonej nawy oraz półkoliście zamkniętego prezbiterium, nad którym wznosi się sygnaturka. Wewnątrz można zobaczyć klasycystyczny ołtarz główny, w którym umieszczona jest gotycka rzeźba Matki Boskiej z Dzieciątkiem oraz barokowy obraz św. Józefa. W prezbiterium znajdują się także ołtarze boczne oraz chrzcielnica z wizerunkiem chrztu w Jordanie.

Ciekawostką kościoła jest to, że został zbudowany także jako budowla obronna. Otoczony był murem, a nad zakrystią zachowały się do dziś stanowiska strzelnicze z małymi otworami.